Su primer cargo pastoral fue en Piedrahíta, donde ejerció como coadjutor de la parroquia y capellán de las Carmelitas. Un año después, en 1966, llegó a Las Navas del Marqués también como coadjutor. Allí estuvo una década ejerciendo asimismo como director espiritual y profesor del colegio de la localidad. En 1977, el obispo le nombró ecónomo de Becedas y encargado de Medinilla, Gilbuena, Junciana y Palacios de Becedas.

A mitad de los años 80, recaló en Mijares como párroco, donde estuvo casi una década, hasta que en 1993 llega a Ávila capital para hacerse cargo in solidum de la parroquia de Santiago Apóstol. Allí estará hasta finales de 1999, cuando fue nombrado administrador parroquial de Solana de Rioalmar, Grandes y San Martín de las Cabezas. Su último cargo pastoral fue en Gotarrendura y El Oso, donde llegó en 2003 como administrador parroquial, y en 2010 se le suma también la parroquia de Hernansancho.

Asimismo, será recordado por haber sido capellán del Hospital Nuestra Señora de Sonsoles, primero (1999), y del Hospital Provincial después (2008). Durante este tiempo, ejerció también como director del Secretariado de Pastoral Sanitaria (2003) o director espiritual de la Adoración Nocturna, entre otros.

Heliodoro Báñez recibió cristiana sepultura el pasado en su localidad natal tras la celebración de las exequias en la parroquia de la Sagrada Familia de la capital.