Natural de Candeleda,  cursó sus estudios en el Seminario Menor de Arenas de San Pedro, así como en la Universidad Pontificia de Comillas, para conseguir las licenciaturas de Filosofía y Sagrada Teología. Fue ordenado sacerdote en Comillas, en la diócesis de Santander, mientras realizaba sus estudios, y fue ordenado por el entonces nuncio del papa en España.

Tras ordenarse se marchó a la diócesis de Pamiens (Francia) para ejercer como capellán de los emigrados a esta zona del país galo. Y regresó a la diócesis abulense en 1963 para ejercer como consiliario de Acción Católica, la HOAC y la JOC.

En el organigrama de la Curia Diocesana desempeñó numerosos cargos a lo largo de su vida pastoral. Entre ellos, destaca su labor como vicario episcopal de Pastoral, cargo para el que fue nombrado hasta en tres ocasiones (1977, 1987 y 1992), por lo que fueron prácticamente dos décadas las que ejerció como tal. También ha formado parte del Colegio de Consultores (1989 y 2003), y del Consejo Presbiteral (1969 y 2003), y fue delegado diocesano de Apostolado Seglar al inicio de la década de los 70.

Como misionero fue a Guinea Ecuatorial en 1996 para formar parte del equipo formador del Seminario Internacional de la Purísima, de Bata, donde volvería después en 2004.

Además de su labor en la curia, Fernández Alía fue párroco de varias localidades de la diócesis, como Nava del Barco, Navalonguilla, Navalguijo, Tormellas y Navamures (1993), de Pedro Bernardo (2002), o de Solosancho y Villaviciosa (2007). En 2009 fue nombrado adscrito a la parroquia de Candeleda, donde permanecía en la actualidad.

En los últimos años, además, ha ejercido como capellán de las Madres Concepcionistas Franciscanas del convento de La Magdalena (2007), y de las Concepcionistas Franciscanas de Candeleda (2012).

El sacerdote recibirá sepultura este jueves (17 horas) tras la celebración de exequias en Candeleda, su pueblo natal.