La obra supondrá la restauración de los acabados de la capilla, con nuevo revoco en muros interiores y la supresión de armarios empotrados, así como en la sustitución del pavimento, de hormigón continuo, y la instalación de la nueva iluminación, con incidencia sobre los elementos funerarios.

El acabado del nuevo pavimento de granito se decidirá con los técnicos de la ponencia de Patrimonio, a la vez que supervisarán la reconstrucción del sepulcro.

La restauración de los restos del sepulcro de Núñez Arnalde, fundador del monasterio y tesorero de los Reyes Católicos, incluirá su desmontaje, tratamiento biocida, consolidación y limpieza de la piedra y montaje, creando una estructura forrada de mármol o alabastro sobre la que se anclarán las piezas.

También se eliminarán las sales y se procederá a la limpieza del arco y las bóvedas, a la vez que se construirá un osario bajo el pavimento.

Entre otros proyectos, también la Comisión de Patrimonio ha autorizado las obras de un muro de protección para el mantenimiento de espacios públicos en la Plaza de San Vicente, y la modificación del proyecto de un bloque de cuatro viviendas en la calle San Millán 3, donde se conservará la fachada, y donde también ha autorizado la excavación arqueológica.