La financiación responde al acuerdo entre el Estado Español y la Santa Sede. Actualmente, se encuentran matriculados 860 alumnos en los 12 seminarios.

El importe de las cuantías  para sostener los seminarios menores diocesanos y de religiosos de la Iglesia Católica en Castilla y León viene determinado de acuerdo con el módulo económico por unidad escolar para centros concertados que se aprueba para cada ejercicio en la Ley de Presupuestos Generales del Estado.

De este modo, el Seminario Menor Salesiano San Juan Bosco de Arévalo (Ávila), recibirá 541.040 euros; el Seminario Menor San Gabriel de Aranda de Duero, en Burgos, 258.680 euros; el Seminario Menor San José de Burgos, 32.698 euros; el Seminario Amor Misericordioso de La Nora, en León, 160.583 euros; el Seminario Menor Don Bosco de Armunia, en León, 245.309 euros; y el Seminario Menor Nuestra Madre del Buen Consejo de León, 154.887 euros.

Asimismo, el Seminario Menor San Jerónimo de Alba de Tormes, de Salamanca, percibirá 146.993 euros; el Seminario Diocesano San Cayetano de Ciudad Rodrigo, en Salamanca, 77.264 euros; el Seminario Diocesano Santo Domingo de Guzmán de El Burgo de Osma, de Soria, 30.386 euros; el Seminario Menor Diocesano de Valladolid, 41.152 euros; el Seminario Sagrada Familia de Valladolid, 155.860 euros; y el Seminario Menor San Atilano de Zamora, 165.376 euros.

La colaboración en la financiación de los gastos generados por la escolarización del alumnado de todos aquellos seminarios que estén autorizados como centros docentes privados es consecuencia del derecho que tienen reconocido por el Acuerdo firmado el 3 de enero de 1979 entre el Estado Español y la Santa Sede y la Orden del Ministerio de Educación y Ciencia de 28 de febrero de 1994, de percibir una subvención en función del número de alumnos que escolaricen. Esta subvención la ha recibido desde entonces del Gobierno del Estado y la perciben de la Comunidad de Castilla y León desde que fue efectivo el traspaso de funciones y servicios en materia de educación no universitaria.