Tras cursar sus estudios en el Seminario Diocesano, fue ordenado sacerdote en marzo de 1957, desarrollando su labor pastoral entre los arciprestazgos de Arévalo-Madrigal y el de la ciudad.

En el primero, el Obispado ha reseñado su labor como coadjutor de las parroquias de Arévalo (1957), que luego repetiría en 1969. En la capital abulense, estuvo adscrito en 1959 a la parroquia del ICM, de donde fue nombrado coadjutor en 1978 y vicario parroquial en 1986.

Durante estos años también desempeñó otros cargos, como consiliario del Consejo Diocesano de Hombres de Acción Católica (1960), delegado diocesano de Emigración (1960), capellán de las Madres Dominicas de Mosén Rubí (1962), consiliario del Consejo Diocesano de la Juventud Masculina de Acción Católica (1963), vocal de la Junta Diocesana de Vocaciones (1968), consiliario de la Acción Católica de Padres de Familia (1978), o de los Movimientos Familiares Cristianos (1978).

Sus últimos años estuvieron vinculados a la parroquia del ICM, donde ofrecía misa. José Úbeda ha recibido cristiana sepultura este miércoles, tras la misa de exequias celebrada en la iglesia de Santa María de Jesús-Las Gordillas.