También ha sido acusada de nepotismo por favorecer a miembros de su familia con puestos de trabajo o suculentas subvenciones.

Cuando estaba al frente de la Consejería de Agricultura y Ganadería, ‘Periodista Digital’ publicó cómo el Partido Socialista pedía explicaciones por la contratación a dedo de su hermano, Justino Clemente Municio, como técnico de dinamización económica en la Diputación de Segovia, gobernada por el PP, partido del que encabezó la lista a las Cortes autonómicas. Además, se acusó a Silvia Clemente de favorecer presuntamente a empresas de su suegro con subvenciones agrícolas.