Dentro del programa Comenius se desarrolla también eTwinning, iniciativa de la Comisión Europea para fomentar la colaboración entre centros educativos mediante el uso de las tecnologías de la información y la comunicación (TIC).

El profesorado del instituto, especialista en el método CLIL (aprendizaje integrado de contenido y lengua extranjera), dispone de formación específica para integrar el uso de las TIC en la enseñanza. De esta forma, los alumnos al terminar sus estudios de Educación Secundaria Obligatoria amplían sus horizontes culturales gracias a los vínculos con miembros de otros centros educativos de Europa.

Reconocimientos
En los últimos años, el IES Alonso de Madrigal ha conseguido distintos galardones nacionales y sellos de calidad. El más reciente es el logrado con AIMS (Alternatives for Innovative Maths Study), proyecto multidisciplinar dirigido a alumnos de 11 a 16 años que tiene como objetivo incrementar la motivación y el interés en el estudio de las matemáticas, con una perspectiva pedagógica innovadora, ya que está basado en la teoría de las inteligencias múltiples.

Otro de los proyectos galardonado es LAE (Legends Across Europe) en el que se ha trabajado a partir diferentes leyendas propias de los países participantes.

Desde el año 2006, alumnos y personal docente -con un papel destacado de la profesora Valentina Cuadrado Marcos-  han aportado al centro otros sellos de calidad con proyectos como A Taste of Maths que recibió el primer premio absoluto y otros como Euronews, Podcasting, Our Top Ten, The Place We Life In, Nature and Human Activity, What Games Interest You?, Space Odissey for Teenagers.